鱼类抗菌肽数据库

抗菌肽（Antimicrobial peptide；AMP）是一类具有抗菌活性的生物来源多肽，可抑制广谱细菌、真菌、原虫、病毒及癌细胞等，是替代抗生素、解决耐药性问题的重要物质。鱼类种类繁多，是开发抗菌肽资源的重要宝库。华大海洋结合大数据来开展抗菌肽序列的高通量筛选，以期研发鱼类来源的抗菌肽型饲料添加剂和保健食品。

抗菌肽参考数据库

抗菌肽是一类两亲性阳离子型短肽，长度约为10-100个氨基酸残基。作为先天性免疫防御系统的重要组成部分，抗菌肽是自然界在长期进化过程中形成的一类天然抗病活性多肽因子，在所有生物防御外源病原微生物的第一道防线中起着不可或缺的重要作用。参考数据主要来自APD3公共抗菌肽数据库（http://aps.unmc.edu/AP/main.php）。        

鱼类抗菌肽序列

该数据库涉及的鱼类抗菌肽皆由华大海洋自主采集，主要从线纹海马（Hippocampus erectus）、鞍带石斑鱼（Epinephelus lanceolatus）、尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus）等鱼类基因组中鉴定得到的非冗余候选抗菌肽序列。        

鱼类抗菌肽基因

通过同源比对的方法从11个代表性鱼类物种的基因组序列中鉴定出候选抗菌肽基因，并参考抗菌肽数据库的注释信息对有关基因进行分类统计。

活性抗菌实例

图1：抗菌肽前体gapdh1 和gapdh2 的基因结构以及抗菌肽区域序列的同源性比对，

图2：Hbβ1（a）和amylin（b）对滕黄微球菌的动态抑制情况。竖线代表均值±标准差（n=3）。（c）和（d）分别展示了Hbβ1 和amylin 的3D 预测结构。

       

相关成果

发表文章

1.High-throughput identification of antimicrobial peptides from amphibious mudskippers. Marine Drugs, 2017, 15(11):364.        [PDF下载]    

2.High throughput identification of antibacterial peptides from fish gastrointestinal microbiota. Toxins, 2017, 9(9):266.    [PDF下载]    

3.Whole genome sequencing of the blue tilapia (Oreochromis aureus) provides a valuable genetic resource for biomedical researches on tilapias. Marine Drugs, 2019, 17(7):386. [PDF下载]

4.Whole genome sequencing of the giant grouper (Epinephelus lanceolatus) and high-throughput screening of putative antimicrobial peptide genes. Marine Drugs, 2019, 17(9):503.        [PDF下载]    

5.High-throughput identification of putative antimicrobial peptides from multi-omics data of the lined seahorse (Hippocampus erectus). Marine Drugs, 2020, 18(1):30.    [PDF下载]    

6.The first genome survey of the Antarctic krill (Euphausia superba) provides a valuable genetic resource for polar biomedical research. Marine Drugs, 2020, 18(4):185.        [PDF下载]    

申请专利

1.黄玉，易云海，游欣欣，陈西洋，阮志强，彭超，石琼，徐军民。 发明专利：一种大弹涂鱼Hbβ1抗菌肽及其编码序列和用途与制备方法。2020，申请号： 202010099931.7。

2.易云海，黄玉，游欣欣，陈西洋，阮志强，彭超，石琼，徐军民。发明专利：一种大弹涂鱼amylin抗菌肽及其编码序列和用途与制备方法。2020，申请号：202010100255.0。